PACEA — De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie.

PACEA — De la Préhistoire à l’Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie. UMR 5199, Université de Bordeaux, CNRS.


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Paléogénétique

par Frédéric Santos - publié le

L’axe méthodologique Paléogénétique vise à regrouper, autour de discussions participatives, l’ensemble des membres de l’UMR s’intéressant à l’étude de la variabilité génétique et à l’évolution moléculaire des groupes humains, animaux et végétaux, mais aussi les chercheurs souhaitant croiser d’autres types de données (biologiques, culturelles, environnementales) avec les données génétiques.

Dans le cadre de cet axe seront proposées des discussions s’articulant autour des méthodes permettant une optimisation de la récupération et de l’analyse d’ADN ancien (humain, animal, végétal), une meilleure caractérisation de la variabilité génétique des groupes étudiés, un meilleur croisement des données génétiques avec d’autres types de données non génétiques. Seront particulièrement discutés les points suivants :

  • Quelles procédures de prélèvements, d’extraction et d’analyses sont les plus adaptées au type de matériel analysé ?
  • Quelle combinaison de marqueurs génétiques analyser en fonction des taxons étudiés, des questions abordées ?
  • Quel est l’impact de l’identité des individus, de la constitution de l’échantillon sur la caractérisation de la variabilité génétique du groupe/de la population ?
  • Quelles méthodes développer/utiliser pour une confrontation des données génétiques aux autres données biologiques, ou autres types de données (culturelles, environnementales) ?

L’axe méthodologique Paléogénétique s’ouvre sur des thématiques de recherches totalement diachroniques et sur l’ensemble des groupes humains, animaux et végétaux. En cela, il devrait alimenter de façon intéressante l’ensemble des Thèmes de recherches de l’UMR PACEA.

  • Thème 1 - Bio-archéologie : de l’actuel au passé (resp. D. Cochard, C. Knüsel) : Développement de procédures d’ostéo-identification génétique, détermination génétique des taxons, du sexe ou de l’origine des individus, développement de procédures de caractérisation de la variabilité intra et inter-populationnelle, et inter-spécifique
  • Thème 2 - Systémique des représentations : gestes, pratiques, espaces (resp. J. Jaubert, S. Rottier) : Développement ou amélioration des outils génétiques permettant une meilleure caractérisation de l’identité des défunts (sexe, origine), des relations de parenté entre défunts
  • Thème 3 - Milieux, peuplements et modes de vie (resp. I. Crevecoeur, M. Langlais) : Amélioration des outils génétiques visant la caractérisation de la variabilité inter-populationnelle des groupes humains et animaux afin de mieux appréhender les dynamiques de peuplements. Le développement de méthodes adaptées pour la confrontation des données génétiques aux autres types de données culturelles et environnementales devrait participer à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans la mobilité des groupes.

L’axe méthodologique Paléogénétique est évidemment étroitement lié à la Plateforme de Paléogénétique de l’UMR PACEA, qui comprend (i) une salle de préparation et de traitement des échantillons prélevés sur les sites archéologiques, (ii) une salle blanche où sont réalisées toutes les analyses pre-PCR et (iii) un laboratoire de biologie moléculaire "usuel" où s’effectuent les étapes post-PCR d’ADN ancien.

Depuis 2009, la Plateforme de Paléogénétique collabore activement avec deux autres plateformes technologiques du campus de Bordeaux, dans le cadre du développement de l’approche paléogénomique et métagénomique : la Plateforme Génome Transcriptome et la Plateforme de Bioinformatique de Bordeaux.